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往透析清液中慢慢加入1mol/L氫氧化鈉溶液，同時不斷攪拌，使pH值上升到8.0—9.0，如有白色沉淀，即離心除去。然后用3mol/L鹽酸調pH=5.0，冷凍干燥，即得白色片狀溶菌酶。也可將離心液用3mol/L鹽酸調pH=3.5，在攪拌下緩慢加入5%的固體氯化鈉，在約5℃的溫度下靜置48h，離心，沉淀用0℃丙酮洗滌，干燥，即得溶菌酶。

食鹽直接結晶法

在蛋清中加入一定量的碘化物或碳酸鹽等鹽類，并調pH值至9.5—10.0，溶菌酶會以結晶形式慢慢析出，而大多數蛋白質仍然在溶液。在超濾濃縮脫鹽后，為獲得較純產品，采用結晶純化酶液經超濾處理后，用NaOH調整pH 9.5，離心去除。上清液在緩緩攪拌下，加NaCl至5%，靜置一周，得粗結晶。結晶溶于pH 4.6醋酸水中，分去不溶物后，進行重結晶，結晶的最終得率為60%左右。即每公斤蛋清中可得重結晶品近1.3 g，活力測定為8000U/mg。